Согласно сохранившимся документам, храм был возведен в IX веке при Людовике II для его дочери Хильдегарды, которая предпочла монашество мирской жизни. Долгое время при церкви существовал женский монастырь, где принимали постриг представительницы знатных семейств.
Обитель обладала большим влиянием и даже чеканила свою монету, но к началу XVI столетия утратила свою мощь и была распущена. До середины XX века церковь Фраумюнстер приходила в упадок, но в 60-е гг. была отреставрирована. Над витражами работал художник М. Шагал.
