Казанский монастырь основали в 1610 году. Начало обители положило возведение деревянной Казанской церкви. Казанский собор из камня начали возводить в 1649 году. В 1672 году освятили придел во имя Параскевы Сербской, а через год такая же участь постигла и главный храм. В конце XVII столетия к собору пристроили трапезную, затем шатровую колокольню, а в последнюю очередь обитель пополнил теплый храм в честь Нерукотворного Образа Спаса. Во второй половине XVIII века все постройки обнесли каменной стеной.
Начало XIX столетия принесло новые изменения в облик обители. На территории монастыря появились каменные настоятельские покои, новая оборонительная стена с башнями по углам, а в 1820-1828 годах построили одноглавую церковь Покрова Богородицы с колокольней над воротами.
К 1845 году перестроили Казанский собор, который освятили во имя иконы Казанской Богоматери. Зодчие трудились под присмотром губернского архитектора П. Панькова. Обновленный собор получил позднеклассический стиль, а внутренние стены в нем расписала артель художников под управлением Т. Медведева.
Последней постройкой монастырского комплекса стала Сретенская церковь, которую возвели в 1878-1881 годах. Также под опекой Казанской обители находилось несколько часовен в разных уголках Ярославской земли.
После подавления белогвардейского мятежа в 1918 году советская власть прочно обосновалась в Ярославле. Многие церкви, соборы и монастыри были закрыты. Не миновала такая участь и Казанскую обитель. С 1920 года все монастырские постройки использовались разными организациями и учреждениями, не имеющими ни малейшего отношения к религии.
Заново монастырь открыли в 1998 году. Богослужения в Казанском соборе возобновили тремя годами позже.
В настоящее время при Казанском женском монастыре действуют регентская школа и православная гимназия.
