Церковь Ильи Пророка – это один из красивейших образцов русского церковного зодчества XVII века в Ярославской земле. Первую святыню с таким названием во время основания города заложил еще Ярослав Мудрый. Здание, которое можем видеть мы, построено в 1647-1650 годах на средства местных купцов – братьев Скрипиных. Но до наших дней постройка не сохранилась в своем первозданном виде. Частично храм пострадал уже в 1658, когда Ярославль охватил сильный пожар. В XVIII веке черепицу зеленого цвета, которой изначально был покрыт храм, заменили чешуйчатым покрытием, разработанным ярославскими кровельщиками.
Над росписями внутренних стен трудились прославленные костромские мастера Гурий Никитин и Сила Савин, которым помогали местные умельцы. Из-под кисти художников вышли такие красивые узоры больших цветов и трав, от которых невозможно было глаз оторвать. К сожалению, эти росписи не сохранились до наших дней. Реставраторам удалось восстановить только элементы побелки.
В конце XIX столетия вокруг церкви Ильи Пророка начал формироваться архитектурный ансамбль Ильинской площади. Святыня стала доминантной постройкой этого ансамбля. Архитектор Н. Султанов разработал проект реставрации храма, при воплощении которого заменили обветшавшие крышу, окна и двери, укрепили фундамент, обновили настенные росписи, заново позолотили главы и кресты.
В 1920 году, после того, как советская власть прочно стала на ноги, Ильинская церковь стала филиалом Ярославского краеведческого музея. В 30-х годах прошлого века борцы с религией и вовсе хотели снести здание, но советскому архитектору П. Барановскому и директору музея Н. Кузнецову удалось спасти постройку от разрушения. В храме обустроили антирелигиозную экспозицию.
В настоящее время храм Ильи Пророка пребывает в ведении Ярославской и Ростовской епархии РПЦ и Ярославского музея-заповедника. Здесь хранятся древние иконы, написанные русскими мастерами. Особого внимания заслуживает и золоченый алтарный иконостас в барочном стиле.