Первую экспозицию Национального музея Чехии представили вниманию публики в 1918 году. Тогда заведение называлось Отечественным музеем. Его организаторы поставили перед собой цель не только сохранить памятки культуры и исторические артефакты, но и сделать их доступными для обозрения широкой общественности.
Здание, в котором расположилась выставка, в 1891 году возвели по чертежам архитектора и реставратора Йозефа Шульца. Дом в неоренессансом стиле стал одной из достопримечательностей Вацлавской площади. Внутреннее убранство (роспись купола и стен) помогал обустроить Богуслав Дворжак, известный чешский живописец.
Со дня своего возведения здание ни разу не перестраивали, а только реставрировали после Второй мировой войны и событий Пражской весны. За основательную реконструкцию помещений взялись в 2015 году, а экспозицию закрыли для доступа пражан и гостей города.
С 2018 года экспонаты Национального музея можно увидеть как в прежнем здании, так и в новых выставочных залах. К старому зданию музея пристроили новое, и выставка получила дополнительные 3 тысячи квадратных метров площади. Это дало возможность не только выставить к обозрению многие артефакты, которые хранились в фондах музея, но и предоставить к услугам посетителей мультимедийный конференц-зал и магазин. Смета реконструкции и строительства превысила 63 миллиона евро.
