Национальный музей Шотландии появился на свет не как отдельное культурное заведение, а после слияния в 2005 году в одну структуру Королевского музея и Музея древности. При этом здание Королевского музея на улице Чамберс-стрит возведено в викторианском стиле XIX века, а сооружение, принявшее коллекцию Музея древности, на той же улице появилось в 1998 году.
Большинство экспонатов объединенного заведения знакомит посетителей с историей Шотландии, традициями страны и ее культурой. Также здесь собраны предметы и артефакты, имеющие отношение к развитию науки, техники и естествознания.
Суммарно Национальный музей включает в себя 16 отдельных галерей, в которых выставлено на обозрение публики 8 тысяч различных объектов. Наибольшее количество посетителей собирается возле чучела овечки Долли – первого клона среди млекопитающих, а также возле одного из экзотических костюмов певца и музыканта Элтона Джона. Метеорит с Марса и скелеты динозавров такого ажиотажа не вызывают.
С 2008 по 2011 годы все помещения Национального музея основательно реконструировали, после чего заведение стало одним из лучших в своем роде во всей Великобритании.