После гибели на дуэли в 1841 году тело Михаила Лермонтова сначала похоронили в Пятигорске, а в апреле 1842 года в металлическом саркофаге перевезли в имение бабушки поэта Елизаветы Арсеньевой в деревню «Тарханы». Литератора похоронили рядом с матерью, а над могилой воздвигли памятник из черного мрамора. Вскоре над дорогими ее сердцу могилами Елизавета Арсеньева выстроила часовню с фамильной усыпальницей, в которой и сама была захоронена в 1845 году. Часовню построили качественно и, казалось бы, на века…
В 1939 году, после того как в усадьбе открыли музей-заповедник «Тарханы», был открыт доступ к саркофагу с телом Михаила Лермонтова. Правда, сначала комиссия долго выясняла, в каком из склепов покоятся останки поэта. При этом было разрушено основание пола возле памятника Михаилу Юрьевичу, затем труженики ошибочно вскрыли склеп с останками Елизаветы Арсеньевой. Установив место погребения поэта, правительственная комиссия приказала вернуть усыпальнице прежний вид. Но перспектива переделать склеп в мавзолей для свободного обозрения победила здравый смысл, и в авральном порядке доступ к могиле поэта сделали открытым. При этом останки других представителей семейства Арсеньевых-Лермонтовых замуровали в отдельной нише, разорив первозданный вид усыпальницы.
В 1974 году неподалеку от часовни перезахоронили отца поэта, Юрия Лермонтова, останки которого перевезли в Тарханы из Липецкой области. А годом раньше провели ремонт в фамильной усыпальнице.
Последствия ремонта сказались уже в 1978 году – в стенах сооружения появились трещины, поставившие под угрозу целостность часовни. Несоблюдение температурного режима и другие изъяны привели к тому, что могилу поэта залила вода. К 1981 году постройка оказалась в плачевном состоянии.
За ее спасение взялись лучшие реставраторы СССР. Благодаря их усилиям к 1992 году состояние часовни удалось стабилизировать, но усыпальница требовала ежегодных реконструкций, во время которых постоянно теряла свои первозданные элементы.
Летом 2013 года директор музея Т. Мельникова обратилась к пензенскому владыке Вениамину за благословлением на закрытие склепа Михаила Лермонтова. И сам владыка, и другие верующие с пониманием отнеслись к такой просьбе, и уже в сентябре того же года захоронениям семьи Арсеньевых-Лермонтовых возвратили первоначальный вид. В часовне восстановили разрушенные стены и своды склепов, обновили росписи, а пустоты между склепами засыпали песком.