В 1591 году на месте нынешней обители располагались русские войска, готовившиеся защищать Москву от орды крымского хана Казы-Гирея. Татары превосходили русских воинов по количеству, поэтому победа над ними была воспринята как чудо. В обозе русских пребывала икона Донской Богоматери, в честь которой на месте сражения спустя два года и основали обитель. В Смутное время монастырь разграбили, и лишь в конце XVII столетия его удалось возродить. С тех пор святыня и хранит свой облик.
Первый собор в честь иконы Донской Богоматери построили в 1593 году. Предполагают, что зодчим был Федор Конь, построивший также Белый город в Москве и Смоленский кремль. В 1679 году к храму пристроили трапезную и шатровую колокольню.
В 1684-1698 годах построили Большой собор, освященный в честь все той же иконы Донской Богородицы. Сооружение возвели в виде четырех лепестков на высоком подклете, а каждый выступ венчала своя глава. С той поры полностью сохранилось внутреннее убранство: стенные росписи кисти Клаудио и иконостас, созданный мастерами из Оружейной палаты.
В 1713-1714 годах архитектурный комплекс обители дополнила Тихвинская церковь, а еще позже достроили колокольню с церковью святых Елисаветты и Захария, больницу, хозяйственные здания, фамильные церкви-усыпальницы над могилами Зубовых, Первушины, Терещенко.
После прихода советской власти в Донском монастыре продолжались богосложения, хотя отдельные здания большевики перепрофилировали под жилые комнаты для рабочих. В 1934 году архитектурный комплекс обители стал частью Московского Музея архитектуры, что позволило сохранить уникальный ансамбль.
Возрождать Донской монастырь начали в 1991 году. Регулярные богослужения проводятся в Большом соборе, а остальные церкви для посетителей открыты нерегулярно. В 2014-2016 годах реставрировали Малый храм иконы Донской Богоматери.
