Спасо-Запрудненская церковь расположена на правом берегу реки Запрудни. История создания этой святыни своими корнями уходит в XIII век, когда князю Василию Ярославовичу во сне явилась икона Божией Матери. В память об этом знаменательном событии князь основал Спасо-Запрудненский монастырь.
К XVIII столетию эта обитель настолько обветшала, что в ней жили лишь четыре монаха. Деревянные постройки пришли в негодность, и Священный Синод закрыл монастырь в 1724 году. Но святое место пусто не бывает – во второй половине XVIII века на месте, где костромскому князю явилась икона Богородицы, построили двухэтажный одноглавый каменный храм в стиле «нарышкинского барокко». Новую церковь торжественно освятили в 1754 году, назвав ее Спасской.
В 1760 году на берега Запрудни перевели костромскую Духовную семинарию. На месте старой обители появились новые здания: архиерейский дом, трапезная, жилые и учебные здания. Первый этаж Спасской церкви стали использовать в качестве учебной аудитории и библиотеки.
В 1764 году Спасо-Запрудненский монастырь упразднили, и все его постройки перешли на баланс семинарии.
В 1806 году купец Василий Стригалев пожертвовал на храм часть своих сбережений, на которые к Спасской церкви пристроили трапезную с «теплым» приделом и двухъярусную колокольню. При пожаре 1813 года сгорел учебный корпус и духовную семинарию перевели в Богоявленский монастырь. Спасская церковь до 1861 года пребывала в статусе бесприходного храма. Тем не менее, кладбище, расположенное возле святыни, служило местом захоронения представителей известных костромских купцов и предпринимателей.
Спасо-Запрудненская церковь даже в советские времена использовалась по своему прямому предназначению. Несмотря на распоряжения властей (дважды газеты сообщали о закрытии храма), богослужения здесь никогда не прекращались. Правда, с колокольни были сброшены колокола, прихожанам запретили крестные ходы, а на кладбище вандалы разбили немало надгробий.
Традицию совершения ежегодных креснтых ходов возобновили в 1990 году.
