Церковь Спаса Всемилостивого в рядах является неотъемлемой частью архитектурного ансамбля костромских Торговых рядов и входит в перечень объектов культурного наследия Российской Федерации. Первые упоминания о святыне зафиксированы в архивных документах за 1628 год. Скорее всего, это была деревянная постройка, поскольку храм из камня в Торговых рядах начали строить в 60-х годах XVIII столетия.
Инициатором возведения новой Спасской церкви стал купец Стефан Белов. Благодаря его усилиям и поддержке со стороны других прихожан уже в 1766 году освятили пятиглавый, одноапсидный храм, выполненный в традициях старообрядной архитектуры.
В 1792-1793 годах к церкви Спаса Всемилостивого по проекту архитектора Степана Воротилова пристроили колокольню в стиле позднего барокко. Еще одно усовершенствование храма пришлось на 1803-1808 годы, когда к нему пристроили теплый придел.
До прихода советской власти главной достопримечательностью святыни была икона в честь Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня. Она была декорирована жемчугом, драгоценными камнями, золотом и серебром. Все это богатство было экспроприировано большевиками.
В 1929 году Спасскую церковь упразднили, а ее внутреннее пространство отдали под антирелигиозный музей. В конце 30-х годов колокольню и главы разобрали, а в церкви обустроили складские помещения.
Восстановление глав храма (но без крестов) и строительство колокольни пришлось все на тот же советский период. В 1974-1976 годах архитекторы Л. Васильев и В. Шапошников придали Спасской церкви ее первозданный вид, но прихожанам ее не вернули. В храме вплоть до 2007 года располагался выставочный зал Костромского историко-архитектурного музея заповедника. Но справедливость все же восторжествовала, и храм Спаса Всемилостивого вернулся под юрисдикцию Костромской и Галичской епархии.