Александро-Антониновский храм расположен на правом берегу Волги в бывшем селе Селище, которое вошло в городскую черту в 1932 году. Но история этой деревни своими корнями уходит в XIV век. Более того, с Селищем связано еще одно знаменательное событие – в этой деревне в канун помазания на царство Михаила Федоровича Романова на ночлег останавливалось Великое Земское посольство, прибывшее из Москвы.
Первую церковь в честь Александра и Антонины Римских в Селище построили еще в XVI столетии, но до наших дней она не сохранилась. Храм, который и доныне радует глаз, построен в 1779-1786 годах. Святыня из кирпича в стиле позднего барокко с трапезной и трехъярусной колокольней появилась на пригорке благодаря средствам местных помещиков В. Каблукова, А. Мошкова и П. Поливановой.
На рубеже XIX-XX веков Александро-Антониновский храм был одним из центров приходской жизни Костромы. Богослужения в нем не прекращались даже после прихода советской власти, когда в окрестностях Костромы массово закрывали и разрушали религиозные святыни. Однако и эту церковь не миновал злой рок – в 1930 с колокольни храма сбросили колокола, а прихожанам запретили собираться на богослужения.
По своему прямому предназначению церковь Александра и Антонины Римских стали использовать лишь с 1990 года. На колокольню водрузили новый шестнадцатипудовый колокол. Спустя год при храме открыли воскресную школу.