Королева Луиза принадлежит к мекленбургской династи и является одной из самых известных уроженок Восточной Пруссии. Эту монархиню уважали и боготворили почти все жители Кенигсберга, считая ее духовной наставницей. Поэтому нет ничего удивительного в том, что после ее смерти горожане возжелали построить кирху в честь королевы. Правда, эта инициатива затянулась почти на сто лет – королева умерла в 1810 году, а кирху построили и освятили лишь в 1901 году. Проект новой святыни, соединивший в себе элементы романского стиля, неоренессанса и модерна, разработал Фридрих Хайтман, которого считали придворным архитектором королевской семьи. Неудивительно, что столь почетную миссию поручили именно ему.
Вторая мировая война не пожалела многие городские здания. Свои увечья и разрушения получила и кирха памяти королевы Луизы. В руинах она простояла довольно долго, и власти Калининграда даже поднимали вопрос о ее сносе. Но иное мнение было у архитектора Юрия Ваганова, который предложил перепрофилировать кирху под театр кукол. Такое предложение получило поддержку, как со стороны горожан, так и со стороны администрации, и в 1976 году новый театр открыл свой первый сезон.
Восстановительные работы вернули зданию его первозданный внешний облик, а вот интерьер пришлось существенно трансформировать. В процессе реконструкции были упразднены своды, а внутреннее пространство разделили на два этажа. С таким модернизированным дизайном обновленная кирха встретила и новый век.
В наши дни первый этаж здания занимает выставочный зал, а на втором этаже собираются почитатели различных представлений. Помимо кукольных спектаклей там проходят музыкальные вечера, концерты и другие культурные мероприятия.