В систему внешних оборонительных укреплений Кенигсберга входил и форт «Фридрихсбург», который в 1910 году был продан администрации города. На протяжении шести лет основную часть сооружения разобрали, валы сняли, а рвы засыпали, оставив только въездные ворота в крепость. После некоторых раздумий ворота решили сохранить, как памятник архитектуры, закрепив за ними название Фридрихсбургских.
Перед началом Второй мировой войны к сохранившейся постройке пристроили новое двухэтажное здание, а старое помещение стали использовать как офис кенигсбергской грузовой станции.
Английская авиация, сбрасывая бомбы на Кенигсберг, пощадила Фридрихсбургские ворота, чего не скажешь о советской артиллерии – во время штурма города в апреле 1945 года сооружению нанесли многочисленные повреждения.
В послевоенные годы здание отреставрировали и приспособили под автомастерскую. Только в 1960 году Фридрихсбургские ворота стали архитектурным объектом, охраняемым законом. В 90-х годах прошлого века памятник архитектуры еще раз отреставрировали, а его внутреннее пространство поочередно занимали различные коммерческие структуры.
В 2007 году Фридрихсбургские ворота передали администрации музея Мирового океана, которая обустроила в здании историко-культурный центр «Корабельное воскресение».