История Свято-Троицкого храма в Улан-Удэ начинает свой отсчет с 1770 года – именно тогда построили небольшую деревянную церковь. В начале XIX столетия местные купцы Афанасий Налетов и Василий Пахолков выделили средства на постройку каменного храма. Благодаря их стараниям в городе появилась типичная сибирская святыня в стиле барокко с вкраплениями деталей классицизма.
При строительстве на кубическое основание храма сначала водрузили два восьмерика. Затем к восточной стене пристроили пятигранный алтарь, а с западной стороны обустроили трапезную с двумя приделами. Последним штрихом стала многоярусная колокольня, примкнувшая к трапезной.
Поскольку Свято-Троицкий храм располагался в центре большого погоста, почти до 30-х годов прошлого века в нем проводились не только обычные богослужения, но и отпевания покойников. Советская власть долгие годы не запрещала использовать церковь по ее прямому назначению, однако в начале 1940-х годов городские власти храм закрыли, а кладбище вокруг него уничтожили, разбив на месте погоста городской сад.
Восстановление Свято-Троицкого храма началось в конце 80-х годов прошлого столетия. Строители провели реконструкцию сооружения, а иконостас и внутренние росписи возобновили благодаря жертводателям и дарителям, передавших в церковь десятки сохранившихся образов и икон.