Музей Ягеллонского университета расположен в корпусе под названием Коллегиум Майус, в котором с XV столетия располагались администрация и учебные аудитории заведения. Здание поражает своей внешней красотой и пышностью внутренней отделки.
С XIX века преподаватели и студенты обосновались в корпусе Коллегиум Новум, а старое здание сначала отдали под нужды университетской библиотеки. В 1939 году, после того, как для библиотеки построили новое здание, в старом оборудовали музейную экспозицию.
Посетив эту выставку, можно узнать много интересного об истории Ягеллонского университета, о профессорах, которые в нем преподавали, о выдающихся выпускниках. Также в экспозиции музея собраны старинные научные и астрономические приспособления, оригинал трудов Николая Коперника, старинные глобусы, карты, книги.
Однако большинство гостей Кракова в музей Ягеллонского университета приходят для того, чтобы полюбоваться часовым механизмом с движущимися фигурками. Такие часы расположены во внутреннем дворике Коллегиум Майус. Пять раз в день (в 9, 11, 13, 15, 17 часов) под мелодию средневековой композиции, созданной на основе студенческого гимна «Гаудеамус», фигурки благодетелей университета и его бывших ректоров появляются перед глазами изумленной публики.
Стоит отметить, что сам часовой механизм уже четвертый по счету. Первый прослужил более трех десятков лет, но сгорел в 1492 году, второй прослужил до 1522 года, третий был наиболее функциональным (демонстрировал не только точное время, но и расположения Солнца и Луны на небосводе), но и он не сохранился до наших дней.
Современный механизм запустили в сентябре 2000 года. Теперь за движение фигурок и включение мелодии отвечает не механическая, а электронная система.