К строительству Клаусовой синагоги, расположенной в пражском районе Йозефов, причастен Мордечей Мейзельм – глава еврейского сообщества Праги во второй половине XVII века. Сооружение возвели в 1694 году после того, как от пожара пострадало предыдущее здание синагоги и несколько «клаусов» (маленьких зданий). Отсюда и название синагоги.
В начале 80-х годов XIX века Клаусову синагогу еще раз отреставрировали, вернув ей узнаваемые черты стиля барокко. Восстановительными и реставрационными работами руководил архитектор Бедржих Мюнцбергер. Внутренние интерьеры здания сделали удобными и комфортными для женщин, для которых отвели всю верхнюю галерею.
Во времена нацисткой оккупации Праги, Клаусова синагога осталась единственным сооружением такого рода, которое не было разрушено захватчиками. После окончания Второй мировой войны здание несколько раз реконструировали в 1960, 1979 и 1983 годах, однако строители и реставраторы почти не изменили облика здания. На своих местах остались лепные украшения, окна с витражами и надписи на стенах.
В наши дни в главном нефе здания обустроена выставка предметов, сопровождающих повседневную жизнь представителей еврейского народа.