Шотландский монастырь основали в Вене в 1155 году ирландские монахи (а поскольку всех жителей британских островов австрийцы называли шотландцами – отсюда и название святыни). Он расположен в центре города на площади Фреюнг. Сооружение возвели по проекту Сильвестра Карлоне и Андреа д’Аллио-младшего.
В 1177 году к монастырю пристроили церковь (сгорела в 1276 году), которую на продолжении веков неоднократно перестраивали, добавляя к готическому стилю элементы барокко. В 1638 году в церковь ударила молния, из-за чего вспыхнул еще один пожар. При восстановлении храма его длину несколько уменьшили. Стены возле главного алтаря расписал Тобиас Пок, а сам алтарь создал Иоахим фон Зандрарт. В начале XVIII органистом в храме служил Иоганн Фукс, а инструмент, на котором он играл, сохранился до наших дней.
В первой половине 70-х годов XVIII века к монастырю и церкви пристроили приорат и школу, а через полвека после этого установили на территории комплекса фонтан «Черной Богоматери».
В 1880 году церковь еще раз частично реконструировали. Новую роспись потолка выполнил Юлий Шмид, а главный алтарь переделали по эскизам скульптора Генриха фон Ферстеля. С тех пор в главный облик здания изменений не вносили.
В 2005 году в церкви при Шотландском монастыре открыли музей.
