Санаинскиймонастырь находится в селе Санаин, в настоящее время входящее в состав города Алаверди, с которым его соединяет канатная дорога.
Город Алаверди расположен в 167 км от Еревана. Через город проходят автомобильное шоссе Ванадзор – Тбилиси и железнодорожная ветка Ереван – Тбилиси со станцией Алаверди.