Церковь Св. Саркиса, как и весь монастырский комплекс, полностью была разрушена во время землетрясения в 1679 году и заново восстановлена на том же месте в годы правления Католикоса Наапета Едесаци (1691-1705гг).
Нынешняя церковь Св. Саркиса была построена заново в 1835-1842 годах. По своему архитектурному решению она была самой неприглядной среди церквей Еревана. Ее внешний вид и внутреннее убранство не соответствовали ее назначению как Викариальной церкви Араратской Патриаршеской епархии. В годы правления Католикоса Всех Армян Вазгена Первого церковь была полностью реконструирована и отреставрирована.
По проекту архитектора Рафаела Исраеляна в 1972 году начались работы по ее фундаментальной реконструкции. Старое здание церкви в основном сохранилось, все фронты были покрыты оранжевым туфом.
Работу, начатую Р. Исраеляном, продолжил архитектор Арцрун Галикян. В 1971-76 гг. полностью был отреставриро-
ван интерьер, на западной стороне была построена галерея для хора, в 2000г. завершилось строительство колокольни.
